Species: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ananas comosus (TPB 2016) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EST ID: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
c82285_g1_i4 (View in GBrowse) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Weakly similar to U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein OS=Mus musculus GN=Snrnp27 PE=2 SV=1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Full Length Predict: | Start Codon Status: | Strand and Stop Status: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Full-length | Yes | sense complete | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Domain Search E-Value: | Domain / Pfam ID: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Frame: | Start: | End: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | 54 | 692 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PEP: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
>c82285_g1_i4 MADRRREKQKHRDRDRERERDRDRERERDRDRDRDRERNRDRDRDRERERDRKRSRSPSRSPSGSGSRSRSRSADRSSRRHGHNHHQHHHQNRRR SPSPESHRRKRRREGSNDLPPAASAELADGVPKNHKKQGGGSGGPADGEAAAVPTDANTEELEMMKQFGIPLGFDSTKGKPVPGADVSGVRVVTK RQPRQYMNRRGGFNRPLPPERNR |
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Sequence: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
>c82285_g1_i4 gctcgcttcgtcttctctccgctgttttttgcgcgcaaggcgagagcggggctatggcggataggcggcgcgagaaacagaagcatcgtgaccga gatcgagagcgggagcgggaccgagatcgagagcgggagcgcgaccgagaccgagatcgagaccgggaacgcaacagggaccgcgaccgagatcg agagcgcgagagagaccggaagcggtcccgctccccgtcccgctccccctccggctcgggctcccgctcccgctcccgctccgccgaccgctcta gccgccgccacggtcataaccaccaccaacaccaccaccaaaatcgccggcgctccccctcccccgagtcccaccgccgcaagcgccgccgcgag ggcagcaatgacctcccccccgctgcctcggccgagcttgcagacggcgttcccaagaaccataagaagcaaggaggtggcagcggcggcccggc ggacggcgaggctgcagctgtcccaacggacgccaacacagaggaactggagatgatgaagcagtttgggattccgttagggttcgattccacca aggggaagcccgtgccaggggccgatgttagcggcgtgagggtggtgacaaagcggcagccgagacaatatatgaatcgcagaggaggctttaat cggccccttcctccggaacgcaaccgttagcaccctgtctcagttccaaagaatcatgggagcacgccagcaacgcagcataatttgatgcttat tatttggtactagatggggttccgatatcatctatttgtggaaaggttgtgcaactgctttacatttataacagttctccctcatcttagaaaat aactagctcaaacctttgcagactttttgggtatttgtcctttgtttcatcatttgttctgtcgacattcctggagaaacagaaattgctggcat tgtattgagattatcggtagtcaagctgttcttcacataatttgtctgtatttttcaggtacctggctcatcaggtgagataaattctggattcc cttttcagttcatccctttccatctttttctacctaactggtgcaaaagcactccaaaatctgaacctatatgatagtgctccacagattgtatg ttgatcttagatagtcaaggagcccagaatttgtatgtttcaagttgctgtgatgggacctagagtcctcgaacaatgagctatgaaaaccgaaa cattttttttttctttttccctccataccggatctattctgatacatttctacgagatctgccgtacgctgaattgtaaacatctaggatctgca gtccagcacatgtatcttttaagataattgtagaagttgcagtctactgagagatttataggcagatgtcctacaatcttttgtttggtataagc tactcttgggcaccggctggaccctttaaaattatacagattcatgtataaagtgctgcgcaatacaattatgctatacgtccttaat |
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Alignment: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
View alignment | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative Splices: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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LG20 | c82285_g1_i4 | c82285_g1_i1 | 3461030 | 3461106 | + | 1^2-,0 | intron retention | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CDS / EST BLASTN: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | e-Value | Identity | G Start | G End | E Start | E End | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Aco022270.1 (View in GBrowse) |
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