Species: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ananas comosus (TPB 2016) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EST ID: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ac4757 (View in GBrowse) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Eukaryotic translation initiation factor isoform 4G-1 OS=Oryza sativa subsp. japonica GN=Os04g0499300 PE=2 SV=2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Full Length Predict: | Start Codon Status: | Strand and Stop Status: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'-sequenced partial | No | antisense complete | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Domain Search E-Value: | Domain / Pfam ID: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3e-43 | pfam02854, MIF4G, MIF4G domain. MIF4G is named after Middle domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Frame: | Start: | End: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-3 | 3 | 2210 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PEP: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
>Ac4757 GAGAGAGDLPFLRPHAAALKVGDSRFEARDCIRYTRDLLLQLRKVVHISEDILKIKQEIAEEFNVEDQTWGRTDSNSLNQSHTRYSEPDNRDWRG RSGQVSSYGEEKSWDTIRENKVSYGSNSTQQEQFNRHDQLNSQSSSRVQVSSNQGVGPTPALIKAEVPWSARRGNDSEKERVLKTVKGILNKLTP EKFDVLKGQLIDSGITTSDILKGVITLIFEKAVFEPTFCPMYAQLCSDLNEKLPSFPAEEAGRKEITFKRILLNNCQEAFEGAGNLRAEVRKLTG PDQEMERRDKERLVKLRTLGNIRLIGELLKQKMVPEKIVHHIVQELLGPDGKTCPAEENVEAICQFFNTIGKQLDESPKAWLVNDFYFNRLKELM TNPQLVPRLRFMVRDVLDLRANMWVPRREEVKAKTITEIHTEAEKNLGLRPGATANMRAARSASALGGPLSPTGPFPMNGPGTGGMMPGMPRTRR MPGMPGLDTDNWEVPRSKSMTKGNNASVFQNPSLNKLLPKGSGGSTSGKTSALLSGALNLPPQNTVPLKSLNTVSTVTPPSEKPLVAPKQDPDEL HKKTVALLEEYFHIRILEEALQCVEELNSPERHPEVVKEAINLALDKGSACIDPLVGLLQFLFAKNVLEPRDLGTGCLLYGSMLDDIGIDLPKAP VYFGEVMGKLILAGGLSFKVVEEILKKVEDERFREAIFDAVVKSIEANPSGLVIMSSQSTELEACKNLLAF |
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Sequence: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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LG20 | Ac4757 | c86227_g7_i3 | 8278149 | 8278150 | + | 1^2-,0 | intron retention | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CDS / EST BLASTN: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Aco019695.1 (View in GBrowse) |
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