Species: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ananas comosus (TPB 2016) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EST ID: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
c89445_g1_i7 (View in GBrowse) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Homologous to Riboflavin biosynthesis protein PYRR, chloroplastic OS=Zea mays GN=PYRR PE=1 SV=1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Full Length Predict: | Start Codon Status: | Strand and Stop Status: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Full-length | Yes | sense complete | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Domain Search E-Value: | Domain / Pfam ID: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3e-56 | pfam08719, DUF1768, Domain of unknown function (DUF1768). This is | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Frame: | Start: | End: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | 1865 | 2479 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PEP: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
>c89445_g1_i7 MLISGYLQPIPDLSPVIPSADETSSVDPTVSPYDTNIISFYKTWDPYGAFSNFSPHPIEMPDENGDYVTWRSVEHYYQAHKFMGVDSPVAAEFVE QIQLAKSPEEAARTGRKLQREHPELVRPDWESTKIDVMYRALKCKFATYPHLQTMLLSTAGSVLVEASPHDLFWGGGRDGEGLNYLGRLLMQLRS EILEEASKVSVAESA |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
>c89445_g1_i7 gtttttgtacgcgcaggggacgaagtgcgcggagctccaagcggcggaggcggcgggagagctcgcgcgcggcggcgtcgcctacctcaacctgg agcccggggactgctacggggatcacaccgctgtatcctccctcgtccaggcaggaatttcaagagttgtcgtgggtctcagacagccgctgccg cacttgcgagggaaggcaatacaagccctaagaagtgaaggcattcaagttgatgtcgttggagaggagttgcagagtaaaatattcgaggaagc tttaaagtcctgcctgtcagtaaatgctccattactctatagagctgcctttcgtgttccattctctgttctcaagtatgctatgaccttagatg gaaaaattgcagctagtagtggccatgcttcttgggtaagcagcaaactatccagaagtcgagtatttgagttgcgtggcagaagtgacgccatt gttgtaggtggaaataccgtacggcgtgatggtacaccacttttagaagaatatagattttcaattaaatgttagctcttttttttgcatatttt tcttgagttctacttagttaaaagccccgactgatgattttcttcaattttactattgactgaaaaaaaaaactctagaagttcctttttttccc ccccttttagcaacaatcagaaaatgaatagtttcattgaacgtacaaactcaaattctatgtggagtgcagttggttacacttccaaattcaaa ttctatgtgatggagtttgccgagaggtgaaacatctcttttttatcattcgtaagctttcgatctcatcttcttcagaacaggaaatatttgag aaattattattactgaattgttgttttttgctggtaaacgaacttcatgaatgtgcagatttcaaataacgcatcactcactggcccactgcatc ccacagaatttggtcttaaaagacatgaaacaaaggggagtgtaaccaattgaggcttgaataagttcattctagttgcccagatcatatataac ttgagtaaaggaaagataaaataagggggaaaaaaagaatggcctagtgttaatgccttatttcaattaagatgcttttagtgtaataccagatc ctcggctaactgcaagacatggagggcaccacgttcctgcgcgtattgtgatgtcgcaaactcttgaccttcccgaggaagcgaatctctggaac gtcttcgaagcatacactatagtcgccacacaaaggggtgctaggaaagacatgcagaagaagcttgcggctaaaggcgtcgaggtggtggagtt tgacatactaaatcctagggatgtgatgtcgtattgctatgatcgtggctacctttctatactgtgggagtgtggtgggtcccttgctgcgccgg ccatctcttctggtgtaattcacaaggtttttgcatttgttgctccaaagatcattggaggagtaaatgctccgtcgccagttggtgaattaggg atggttcaaatgtcacaagcgcttgatctaattgacgtttcatatgaacaggcgactcttaatgctcattcccgtttaattcttttcaccaaatg tgctatccgagtaacactagtttggatcatgatacaaattgttacatgtttgcacttaatttgaactttgtttacagtgggcaatttaacctgtc tacttattttgtcgcttcatccaatcatagagttttattgctattaattgtgataagtattgcatttgccgcttatataacttcaatatgcttct agaaattaagatctaatagaatataatgtgattcatgtgcattacagattggaccagacatgctgatcagtggatatcttcagcctattccggat ttatcacctgtgattccatcagctgatgagacttcgtctgtcgatccgacagtttctccgtacgatacaaatatcatatcgttctataagacatg ggatccatatggagccttctcaaacttctctcctcatcctattgaaatgcccgatgaaaatggagattatgttacttggcgaagcgtcgagcact attatcaggcgcacaaatttatgggagtcgatagtcccgtggccgcagagtttgttgaacaaatacagttagcaaaaagccccgaggaagcggca cgaacgggacggaaattgcaaagagagcaccctgaactggttcgacccgactgggaatcaacgaagatcgatgtcatgtacagagctctcaaatg caagttcgcgacgtacccgcatttacaaaccatgcttctttctacagcaggctccgttcttgtcgaggcgtcgccccacgacctcttctggggtg gaggccgggacggcgaaggactcaattatctgggccggcttctgatgcagttaaggtctgagattttggaagaggcctcgaaagtgagcgtagcc gagtcggcgtagttcacaaaataccgaaaa |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alignment: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
View alignment | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative Splices: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome ID: | EST ID 1: | EST ID 2: | Start: | Stop: | Strand: | AS Code: | AS Type: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LG20 | c89445_g1_i7 | c89445_g1_i2 | 803459 | 803600 | + | 1^2-,0 | intron retention | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CDS / EST BLASTN: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | e-Value | Identity | G Start | G End | E Start | E End | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Aco013504.1 (View in GBrowse) |
0.0 | 99 | 1853 | 2482 | 1312 | 1941 |