Species: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ananas comosus (TPB 2016) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EST ID: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
c88907_g1_i1 (View in GBrowse) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Highly similar to Uncharacterized CRM domain-containing protein At3g25440, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana GN=At3g25440 PE=2 SV=1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Full Length Predict: | Start Codon Status: | Strand and Stop Status: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Full-length | Yes | sense complete | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Domain Search E-Value: | Domain / Pfam ID: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7e-19 | pfam01985, CRS1_YhbY, CRS1 / YhbY (CRM) domain. Escherichia coli | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Frame: | Start: | End: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | 839 | 1846 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PEP: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
>c88907_g1_i1 MPKFETHEIEPSKKRKWLTKKRLKLKRKREKSKRKDANKKDPRRIRPKGLKKKQKFPTAEARIKYKIEKAKLKEAMLVEKLKKYEVPEVHGPMVK PEELTGEERFYVKKMAQKKSNYVPIGRRGIFGGVILNMHLHWKKHETVKVICKPCKPGQVHEYARELERLSGGVAIQVIGNDTIVFYRGKNYVQP EVMSPIDTLSKKKALEKSKYEQSLETVRRFIAISEKELELYYRHVALYGDPQTRNADLVYGDDQKTPFSMGTEELIFSKEERVCSSDHCDVSEDF SGMEVDSDYEFDSNEREFTEDETDSDVEEESNCQVDLEDGEEEFEVPKYPA |
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Sequence: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
>c88907_g1_i1 aaaaaaaaaaaaaaaaagaaaaagttctccgcaggaaaaagcgcggttatatgcaatatcaataatgaagaaaaggaaagattagtttcacttcc acttcgtctcccgcatctctaatggcggagctcatgagctcccccctccgatcgccgctcccggaggaagagctccccctccccgcgcttcctcc gccgccgacgccgacgccgacgaggaaaaatggtgaacaactgaactagctgttgattgactccacctcctcatgcatttagtaataagcaatgg cacgctgtttcctctttcttcgaaggctgcaaaggccgccttctttatctcttcataatttgtttttttctagagcatttgctgcccctctccct ccatcgttatggtcatcactttttctttttgattctcgtaacttccctaatttgttcggtggaggttgtcctcaatcttttctcctagtttcgat tagattcctttaccaaattatacagaactaactatgtaatcgtcatatacctaccatgtaactttttgatttgtgtggatacttcgatcctattt aacccataaatttaatggaaatgttatgattgtaaacattagacattttcttgtgacaatgaaaaggttggggaccaaactgaaaccttctaaag agtttggggaactctaatgcaattcaccctcagttcgttcctcatcatctctcgtcgcgttttgaagcaggtattctcttaacaaaagttcacac tcatttcacccatctggaaatttgtggaatataaggaatgttagctatggatccgtgaatctcgtccttaatgacgggatgccaaaattcgagac ccatgagatagagccttcgaaaaagaggaaatggctcacgaagaagcgacttaagctcaaaaggaaacgggagaagagtaaaaggaaggacgcaa acaaaaaggatccacgacgaatacggccgaaagggttgaagaaaaagcaaaaatttcccactgccgaggctcggatcaagtataagattgagaag gccaaactaaaggaagctatgcttgtcgaaaagctaaagaaatatgaagtcccggaagttcatggcccgatggttaaacctgaagaactgacggg tgaggaacgattttacgtaaagaagatggctcagaaaaaatctaactatgttcccattggacggcgaggcatatttggaggagtaatactcaaca tgcacttgcattggaaaaagcatgaaactgttaaggttatctgcaagccttgtaaaccaggccaagttcatgaatatgctagagaattagaaagg cttagtggtggggtagctattcaggttattgggaatgacacgattgttttctatcgtggaaagaactatgttcagcctgaggttatgtcaccgat tgatacactatcgaagaaaaaggcacttgagaaatcaaaatatgagcagtcgcttgagacagttaggcggttcatcgcgatatctgagaaggaac tcgagctttactaccgacatgtggcactttacggcgacccacagacaaggaacgctgatttagtttatggtgatgatcagaaaaccccttttagc atgggaacagaggaattgattttttccaaggaagaaagagtttgttcttctgatcattgtgatgtatcagaagatttttctggcatggaagttga ctcagattatgaatttgattccaacgaaagggagttcactgaagatgaaactgattctgatgtggaagaagaatctaattgtcaggtggatttag aggatggagaagaggaatttgaagtgccaaaatatccagcctgatgatattctgattcatcaagtcaaaagagtggacttccaagctatattttc ttcatgcaaagaacctcccagtggggccctgagagaagtcaatcccataagggtagtaattggactttgcaagtgaactgaggtagttgttgttc ccatcatcgacgagcgagtctccgaagacgaacattgctgggacctgaggtgccccatgcaccccagctgagaagaagcagaagcaagaagacac gaaaatcgctccagcaaggagcccttcggaagctgtttttgagctgaactttctcatttttgttcaaacaaagttgatgggagtgaaagcaaatt gcaattagaagctgtggagatggctgtatatatactcggatgtgataaatgtgtacactagggttcctgcaaggatattttggtccaaatgtgcg aatatcgg |
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Alignment: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
View alignment | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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LG20 | c88907_g1_i1 | c88907_g1_i4 | 1470303 | 1470648 | + | 1^2-,0 | intron retention | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CDS / EST BLASTN: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | e-Value | Identity | G Start | G End | E Start | E End | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Aco013607.1 (View in GBrowse) |
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