Species: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ananas comosus (TPB 2016) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EST ID: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
c83420_g1_i1 (View in GBrowse) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Highly similar to Exosome complex component RRP43 OS=Bos taurus GN=EXOSC8 PE=2 SV=1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Full Length Predict: | Start Codon Status: | Strand and Stop Status: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Full-length | Yes | antisense complete | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Domain Search E-Value: | Domain / Pfam ID: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4e-21 | pfam01138, RNase_PH, 3' exoribonuclease family, domain 1. This | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Frame: | Start: | End: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-3 | 96 | 1049 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PEP: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
>c83420_g1_i1 MATTARGGGEREPAAGSGGGGGAAAEMEVEAYRRLFPVAYFERHLRESVRLDARPLASPRDTSVALGLVGSADGSALVKFGDTTMVAAIKLEVMT PPAESSDEGSVAVEFYMPPICSPTVRPGRSAEVAPVISKQLSDVIMSSGMINLKDLCLINGKASWIAYLDIYCLNADGSLFDAALVSAVAAFTHL EIPLVSVSDDGRVVTVPGELEGKTKLPLVNKDKRKLMLNNVPFSLTCGLHKEHILVDPTAEEESIIETFVTVVLDTLGRVVSVYKPGGSVLAYTS ILKECITLAKRRAQQLRNILNESVSAMEVDKSS |
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Sequence: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
>c83420_g1_i1 ccgtcattgaatcgcttgcaagcgcagctaatgaatcaactttcgagttatattatcttactaactaaactttcgagttataaacacaatcaaag aagataaactcagatacatgccaattcccattctcataagttgttagcatgtcacatcacatcactactatttctaacattttccctaaactatt tgatgtagcaggttaaatgtatcacacaaacacagatgtttcctttttcacatttcagaatcagaaaagaatacgtaaaaagtgatttgattaac attagtagtacttacgaagatttatcaacttccatggcggaaacggattcattcaagatattccttagctgctgcgccctacgtttagcgagagt gatgcactccttaagaatcgatgtgtaggcaagaacagaacctcccggtttgtatactgaaacgacgcgacccaaagtatctagcacgacagtaa caaaggtctctattatggattcctcttcggcagtgggatctaccaagatatgttccttatggagtccgcatgtgagggaaaaggggacattgttg agcatgagcttcctcttatctttgttgaccaacggaagtttagttttgccttcaagttcccccggcacagtgactactcttccatcgtcactgac cgaaactagagggatttccaggtgtgtgaatgcagcgactgctgaaactagcgcagcatcaaagagagagccgtcagcattcagacagtagatat ccaagtaggctatccatgaggcttttccatttattaagcacaggtccttcaagtttatcatcccagaactcataatgacgtccgacaactgctta gagatgacgggcgccacctcagccgacctcccgggcctaacggtcggagaacaaattggcggcatgtagaactcgacggcaacggaaccctcatc tgaagattctgccggaggggtcatcacctcaagtttgatagcagccaccatagtagtgtcgccgaacttgacgagggcggacccgtcggcggagc cgacgaggccgagggctacggaggtgtcgcgcggggaggcgagggggcgcgcgtcgaggcgcacggactcgcggaggtggcgctcgaagtaggcg acggggaagaggcgccggtacgcctccacctccatctccgccgcagctccccctcctccgccgctccccgccgccggctctctctcgccgccgcc gcgcgcggtcgtcgccatgctcgtccctgctccctcggcgacctcggcgcgttcgaagttgctcagagcgtgcgggcgctgggaacgcggtgtgt gtccgcgagatcggaagg |
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Alignment: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CDS / EST BLASTN: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | e-Value | Identity | G Start | G End | E Start | E End | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Aco013512.1 (View in GBrowse) |
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